Trata-se de uma instituição que se propõe defender, estudar e divulgar tudo o que se relacione com temas afro-brasileiros. Para esse fim, dispõe de uma colecção de peças de origem ou inspiração africana, ligadas quer ao trabalho e à tecnologia, quer à arte e às religiões. Neste campo, há também lugar a objectos de origem brasileira, relacionados com a religião afro-brasileira da Bahia, incluindo um conjunto de talhas em cedro de autoria de Carybé, 27 painéis representando os orixás do candomblé da Bahia.

O museu, que foi primeiro organizado por Pierre Verger, está instalado no edifício da primeira escola de medicina do Brasil, no Terreiro de Jesus, que hoje é propriedade da Universidade Federal da Bahia.