As árvores filogenéticas são confeccionadas a partir de uma matriz contendo os dados disponíveis (morfológicos, químicos ou genéticos) sobre os táxons estudados. Estes dados são comparados, e os táxons agrupados pelas semelhanças e diferenças entre si em clados. Atualmente, há alguns softwares disponíveis para a realização destes cálculos.