Existiam dois tipos de protobiontes : O que respirava oxigénio e o que respirava gás carbónico.

Não realizando a função da reprodução, originaram-se pela convergência e conjugação de micro-esferas de proteínas, glícidos, lipídios e ácidos nucleicos, entre outras substâncias orgânicas e inorgânicas, encerradas numa membrana composta por lípidos.

Estas microesferas ter-se-ão agrupado em "bolhas" membranosas de forma a criar os primeiros organelos com funções especializadas. Por exemplo, os lisossomas ter-se-ão formado através da inclusão de enzimas nestas bolhas.