Todavia, por os fenótipos serem muito mais fáceis de observar do que os genótipos (não é preciso química nem sequenciação para determinar a cor dos olhos de uma pessoa), a genética clássica usa fenótipos para deduzir as funções dos genes. Depois, testes de reprodução podem confirmar estas interacções. Desta forma, os primeiros genetistas conseguiram traçar padrões de hereditariedade sem qualquer tipo de conhecimento de biologia molecular.

A interacção entre o genótipo e o fenótipo é frequentemente descrita usando uma equação simples:

genótipo + meio ? fenótipo

Um fenótipo é qualquer característica detectável de um organismo (i.e. estrutural, bioquímica, fisiológica e comportamental) determinada pela interacção entre o seu genótipo e o meio.

O conceito de fenótipo foi tornado mais vasto por Richard Dawkins, ao incluir efeitos sobre outros organismos ou sobre o meio em The Extended Phenotype.