Uma diferença no procedimento (quando comparada com o Southern blot)é a adição de formaldeído no gel de agarose, que funciona como um denaturante.

Como no Southern blot, a sonda hibridizadora pode ser feita de DNA ou RNA.

Uma variação do procedimento conhecida como Northern blot reverso era ocasionalmente usada. Nesse procedimento, o ácicido nucleico (que era fixado à membrana) era uma coleção de fragmentos de DNA isolados, e a sonda era RNA extraído de um tecido e radioativamente marcado.

O uso das microarrays de DNA cujo uso começou a se espalhar no final da década de 1990 e no início da de 2000 é mais similar ao procedimento reverso, nas quais envolvem o uso de fragmentos de DNA isolados fixos a um substrato, e a hibridização com uma sonda feita de RNA celular. Então o procedimento reverso , apesar de originalmente incomum, possibilitou o estudo simultâneo da expressão gênica usando a análise do Northern melhorada para a determinação do perfil de expressão, no qual muitos (possivelmente todos) os genes em um organismo podem ter suas expressões monitoradas.