Pela importância fisiológica da Rubisco, o rbcL foi selecionado de tal maneira que se apresenta como um gen com baixas taxas de mutação. Desta forma, sistematas filogenéticos, ao utilizar dados moleculares para análises de grandes grupos, como famílias e ordens, têm preferência pelo seqüenciamento deste gene, que assim pode indicar com alguma precisão o grau de semelhança genética entre os grupos estudados.