Além do direito de terminar as obras, ganhou do governo o direito de explorar uma faixa de 30 quilômetros, 15 quilômetros de cada lado da ferrovia. A Companhia desapropriou legalmente as terras que a margeavam e ofereceu trabalho no canteiro de obras da ferrovia às famílias de posseiros que foram desapropriados. Ao mesmo tempo, a concessão garantia que outra empresa coligada ao consórcio, a Southern Brazil Lumber & Colonization, passasse a explorar e comercializar a madeira da região, com o direito de revender as terras desapropriadas ao longo da ferrovia.

Enquanto houve serviço, tudo foi bem. Calcula-se que cerca de 8000 homens trabalharam nas obras da estrada de ferro: trabalhadores provenientes da população urbana do Rio de Janeiro, de Santos, Salvador e Recife, com fé na promessa de muitas vantagens e altos salários.

Quando as obras terminaram, uma população enorme de camponeses ficou sem ter o que fazer e para onde ir. Situação idêntica à de um grande número de trabalhadores de fora que não retornaram às cidades de origem porque foram apenas demitidos pela companhia que não honrou o compromisso de os levar de volta quando chegasse o fim dos trabalhos.

Esta situação era semelhante à dos camponeses expulsos de suas terras por parte de poderosas empresas madeireiras que também vinham se instalando na região. Neste contexto de miséria e pobreza entre os caboclos, entrou em cena o monge santo, que inflamaria os habitantes do território contestado contra a situação que estavam enfrentando e contra a ocupação e exploração de terras por parte de empresas estranhas à região.

A união destas pessoas em torno de um ideal comum levou à sua organização, com funções distribuídas entre si, e ao fortalecimento do grupo. O messianismo adquiria corpo. A vida era comunitária, com locais de culto e procissões. Tudo pertencia a todos. O comércio convencional foi abolido, sendo apenas permitidas trocas. Segundo as pregações do líder, o mundo não duraria mais 1000 anos e o paraíso estava próximo. Ninguém deveria ter medo de morrer porque ressuscitaria após o combate final. É de destacar a importância atribuída às mulheres nesta sociedade. A virgindade era particularmente valorizada.
O santo monge José Maria rebelou-se, então, contra a recém formada república brasileira e decidiu dar status de governo independente à comunidade que comandava. Para ele, a República era a "lei do diabo". Nomeou Imperador do Brasil um fazendeiro analfabeto, nomeou a comunidade de "Quadro Santo" e criou uma guarda de honra constituída por 24 cavaleiros que intitulou de "Doze Pares de França", numa alusão à cavalaria de Carlos Magno na Idade Média.

Os camponeses uniram-se a este, fundando alguns povoados, cada qual com seu santo. Cada povoado seria como uma Monarquia Celeste, com ordem própria, à semelhança do que Antônio Conselheiro fizera em Canudos.

Estar junto ao monge passou a ser considerado especialmente prestigiante. O monge é, então, convidado para participar da festa do Senhor do Bom Jesus, na localidade de Taquaruçu (município de Curitibanos). Segue acompanhado de cerca de 300 fiéis. Terminada a festa, o monge se demorou nesta localidade atendendo a quem quer que viesse em seu encontro, receitando remédios e fazendo curas.

Desconfiado com o que acontecia em Taquaruçú, e com medo de perder o mando da situação local em Curitibanos, o coronel Francisco de Albuquerque, rival do coronel Almeida, envia um telegrama para a capital do Estado pedindo auxílio contra rebeldes que proclamaram a monarquia em Taquaruçú.

Antevendo o que estava por vir, José Maria parte imediatamente para a localidade de Irani com todo o séquito carente que o acompanhava. Irani, nesta época, pertencia a Palmas, cidade que estava na jurisdição do Paraná. Como Paraná e Santa Catarina tinham questões jurídicas não resolvidas por conta das divisas de seu território, o Paraná viu nessa grande movimentação de pessoas uma estratégia de ocupação daquelas terras por parte do Estado vizinho de Santa Catarina.

A guerra do Contestado inicia-se neste ponto: em defesa das terras paranaenses, várias tropas do Regimento de Segurança do Paraná são enviadas para o local, a fim de obrigar os invasores a voltar para Santa Catarina. Estamos em outubro de 1912.

Mas as coisas ocorrem bem diferente do planejado. Tem início um confronto sangrento entre tropas do governo e fiéis do Contestado no lugar chamado Banhado Grande. Ao término da luta, estão sem vida dezenas de pessoas, de ambos os lados, e grande quantidade de material bélico do Paraná passa para a mão dos revoltosos. Morreram no confonto o coronel João Gualberto, que comandava as tropas, e também o monge José Maria, mas os partidários do contestado tinham conseguido a sua primeira vitória.

José Maria é enterrado com tábuas pelos seus fiéis, a fim de facilitar a sua ressurreição, já que os caboclos acreditavam que este ressuscitaria acompanhado de um Exército Encantado, vulgarmente chamado de Exército de São Sebastião, que os ajudaria a fortalecer a Monarquia Celeste e a derrubar a República, que cada vez mais acreditava-se ser um instrumento do diabo, dominado pelas figuras dos coronéis.

O governo brasileiro, decidido a reprimir o movimento e exterminar este novo reduto antes que ele crescesse e se tornasse ainda mais perigoso, montou uma Força Pública Catarinense, que para lá se dirigiu com 200 soldados em 29 de Dezembro de 1913. Novamente, os resultados não são os esperados pelo governo: tal força pública é vencida pela coragem e obstinação dos fiéis, que, inclusive, se apoderam das armas dos soldados. Esta vitória foi fundamental para dar ainda mais credibilidade ao movimento, que fortaleceu-se a ponto de formar novos redutos em locais cada vez mais afastados e de difícil acesso, com o claro intuito de dificultar as represálias militares das tropas legais.

Para alguns historiadores este dezembro de 1913 seria o ponto inicial da Guerra do Contestado, mas não é possível deixar de considerar o confronto de 1912, em Irani.

Os fiéis que mudaram para Caraguatá eram chefiadas por Maria Rosa, uma jovem com 15 anos de idade, considerada pelos historiadores como uma Joana D'Arc do sertão, já que "combatia montada em um cavalo branco com arreios forrados de veludo, vestida de branco, com flores nos cabelos e no fuzil". Após a morte de José Maria, Maria Rosa afirmava receber, espiritualmente, ordens do mesmo, o que a fez assumir a liderança espiritual e militar de todos os revoltosos, então cerca de 6000 homens.

De março a maio outras expedições foram realizadas, porém todas sem sucesso. Em 9 de Março de 1914, embaladas pela vitória de Taquaruçú, que tinham destruído completamente, as tropas cercam e atacam Caraguatá, mas aí o desastre é total. Fogem em pânico perseguidos pelos revoltosos. Esta nova vitória enche os contestadores de ânimo. O fato repercute em todo o interior, trazendo para o reduto ainda mais pessoas com interesses afins, mas também repercute muito mal frente ao governo e aos órgãos legalmente constituídos.

Como cada vez mais pessoas enganjava-se abertamente ao movimento, piquetes foram formados pelos fiéis para o arrebanhamento de animais da região a fim de suprir as necessidades alimentícias do núcleo de Caraguatá. São então fundados os redutos de Bom Sossego e de São Sebastião. Só neste último se aglomeravam cerca de 2000 pessoas.

Além de colocar em prática técnicas de guerrilha para a defesa dos ataques do governo, os fanáticos passaram ao contra-ataque. Em 1° de setembro lançaram um documento que intitulou-se Manifesto Monarquista, deflagrando-se, a partir de então, o que chamavam de a Guerra santa, caracterizada por saques e invasões de propriedades de coronéis e por um discurso que exigia pobreza e cobrava exploração ao máximo da República.

Invadiam as fazendas dos coronéis tomando para si tudo o que precisavam para suprir as necessidades do reduto. Além disso, amparados nas vitórias que tiveram, atacaram várias cidades, como foi o caso de Curitibanos, onde o alvo eram invariavelmente os cartórios, locais onde se encontravam os registros das terras que antes a eles pertenciam. Não bastando incendiar os cartórios, num outro ataque na localidade de Calmon, destruíram completamente a segunda serraria da Lumber, uma das empresas que vieram de fora para explorar a madeira da faixa de terra de 30 quilômetros (15 quilômetros de cada lado) às margens da ferrovia.

Mas a calmaria terminaria logo. Os revoltosos rapidamente se reagrupam e se organizam na localidade de Santa Maria, intensificando os ataques: tomam e incendeiam a estação de Calmon; dizimam a vila de São João (Matos Costa), atacam Curitibanos e ameaçam Porto União da Vitória, cuja população abandona a cidade em desespero.

Os boatos chegam até Ponta Grossa e dizem que os revoltosos e seu exército pretendem marchar até o Rio de Janeiro para depor o Presidente. Os rebeldes já dominam, nesta altura dos acontecimentos, cerca de 25000 km² da região do Contestado.

O governo federal joga uma outra, e ainda mais dura, cartada: nomeia o general Setembrino de Carvalho para o comando das operações contra os Contestadores. Então, em setembro de 1914, chefiando cerca de 7000 homens e com ordens de sufocar a rebelião e pacificar a região a qualquer custo, chega a Curitiba o general Setembrino de Carvalho. A primeira e mais imediata providência foi restabelecer as ligações ferroviárias e guarnecer as mesmas para evitar que fossem novamente atacadas. Como apoio de operações de guerra, pela primeira vez na história da América Latina foram usados 2 aviões para fins de reconhecimento que não chegaram a efetivar o seu emprego no Teatro de Operações, devido a um acidente, envolvendo o então piloto tenente Kirk.

Astutamente, Setembrino envia um manifesto aos revoltosos no qual garantia a devolução de terras para quem se entregasse pacificamente. Garantia também, por outro lado, um tratamento hostil e severo para quem resolvesse continuar em luta contra o governo.

Com esta nova estratégia, rapidamente começou a faltar comida nos acampamentos dos revoltosos. Isto teve como conseqüência imediata a rendição de dezenas de caboclos. Contudo, a maioria dos que se entregavam eram velhos, mulheres e crianças - talvez uma contra-estratégia dos fiéis para que sobrasse mais comida aos combatentes que ficaram para trás e que ainda defenderiam a causa.

Neste ponto da guerra do Contestado, começa a se destacar a figura de Deodato Manuel Ramos, vulgo "Adeodato", considerado pelos historiadores como o último líder dos Contestadores. Adeodato transfere o núcleo dos revoltosos para o vale de Santa Maria, que contava ainda com cerca de 5000 homens. Só que aí, à medida que ia faltando o alimento, Adeodato passa a revelar-se cada vez mais autoritário, não aceitando a rendição. Aos que se entregavam, aplicava sem dó a pena capital: a morte.

Cerco fechado, sem pressa e deixando os revoltosos nervosos lutarem contra si mesmos, em 8 de Fevereiro de 1915 a ala Sul, comandada pelo tenente-coronel Estillac, chega a Santa Maria. De um lado as forças do governo, bem armadas, bem alimentadas, de outro, rebeldes também armados, é verdade, mas famintos e sem ânimo para resistir muito tempo. A luta inicial é intensa e, à noite, o tenente-coronel ordena a retirada, afinal, já contabilizara só no seu lado 30 mortos e 40 feridos. Novos ataques e recuos ocorreram nos dias seguintes.

Em 28 de Março de 1915,o capitão Tertuliano Potyguara parte da vila de Reinchardt com 710 homens em direção a Santa Maria, perdendo só em emboscadas durante o trajeto, 24 homens. Depois de vários confrontos, num deles Maria Rosa, a líder espiritual dos rebeldes, morre às margens do rio Caçador. Em 3 de Abril, as tropas de Estillac e Potyguara avançam juntas e ordenadas para o assalto final a Santa Maria, onde restavam apenas alguns combatentes já quase mortos pela fome.

Em 5 de Abril, depois do grande assalto a Santa Maria, o general Estillac registra que "tudo foi destruído, subindo o número de habitações destruídas a 5000 (...) as mulheres que se bateram como homens foram mortas em combate (...) o número de jagunços mortos eleva-se a 600. Os redutos de Caçador e de Santa Maria estão extintos. Não posso garantir que todos os bandidos que infestam o Contestado tenham desaparecido, mas a missão confiada ao exercito está cumprida". Os rebeldes sobreviventes se dispersaram em muitas cidades.

Em dezembro de 1915 o último dos redutos dos revoltosos é devastado pelas tropas de Setembrino. Adeodato foge, vagando com tropas no seu encalço. Consegue, no entanto, escapar de seus perseguidores e, como foragido, ficou ainda 8 meses escondendo-se pelas matas da região. Mas a fome e o cansaço, além de uma perseguição sem trégua, fizeram com que Adeodato se rendesse. Encerrava-se então, em agosto de 1916, com a prisão de Adeodato, a Guerra do Contestado.

Adeodato foi capturado e condenado a 30 anos de prisão. Entretanto, em 1923, 7 anos após ter sido preso, Adeodato é morto pelo próprio diretor da cadeia numa tentativa de fuga.

Na data de 12 de outubro de 1916, os governadores Filipe Schimidt (de Santa Catarina) e Afonso de Camargo (do Paraná) assinaram um acordo e o município de Campos de Irani passou a chamar-se Concórdia.