O canal, no trecho lagunar sul, além de estreito, possui vinte e duas ilhotas, sem contar a do Linguado (às vezes denominada João Dias), que é a maior em todo o braço de mar, com quatro quilômetros de comprimento. Exemplos são a ilha do Monteiro e a ilha do Lino, que ficam praticamente unidas à ilha de São Francisco, e a ilha da Passagem, que está quase agregada às suas margens continentais.

O canal foi fechado por um aterro para permitir a passagem da estrada de ferro, no ano de 1935. Isso resultou numa série de problemas ecológicos para a Baía da Babitonga e para a laguna da Barra do Sul pela interrupção do fluxo das correntes de maré que tinham grande influência na dinâmica estuarina. Observou-se a partir de então a diminuição das profundidades da baía, assoreamento e queda no rendimento das atividades pesqueiras. Hoje se discute a reabertura do canal para voltar a permitir o fluxo normal das correntes de maré. Antes de ser aterrado, o canal servia de via de navegação com fluxo razoável de tráfego marítimo pois navios de até 4 metros de calado podiam franquear a barra sul em condições de preamar (maré alta).