Tem uma extenão considerável, pois nasce entre a Serra da Anta Gorda e a Serra da Boa Vista, ambas parte da Serra Geral, na divisa das cidades de Anitápolis, Santa Rosa de Lima e Bom Retiro, a cerca de 100km do litoral.

No entanto, o rio Canoas corre para o oeste, banhando os municípios de Urubici, Rio Rufino, Canoas, Otacílio Costa, Correia Pinto, Ponte Alta, Abdon Batista (um pouco antes do qual recebe as águas de seu afluente, o rio Caveiras), Anita Garibaldi, Celso Ramos (entre os quais recebe as águas do rio Inferno Grande). Após passar pelo município de Celso Ramos, encontra-se com o rio Pelotas, formando assim o rio Uruguai.