Este termo foi usado pela primeira vez por Platão, no diálogo A República, para referir-se à compreensão da natureza divina por meio da razão, em oposição à compreensão literária própria da poesia feita por seus conterrâneos. Mais tarde, Aristóteles empregou o termo em numerosas ocasiões, com dois significados:

* teologia como o ramo fundamental da ciência filosófica, também chamada filosofia primeira ou ciência dos primeiros princípios, mais tarde chamada de metafísica por seus seguidores.
* teologia como denominação do pensamento mitológico imediadamente anterior à Filosofia, com uma conotação pejorativa, e sobretudo utilizado para referir-se aos pensadores antigos não filósofos (como Hesíodo e Ferécides de Siro).

Santo Agostinho tomou o conceito "teologia natural" da obra Antiquitates rerum humanarum et divinarum, de M. Terêncio Varrão, como única teologia verdadeira dentre as três apresentadas por Varrão: a mítica, a política e a natural. Acima desta, situou a teologia sobrenatural (theologia supernaturalis), baseada nos dados da revelação e, portanto, considerada superior. A teologia sobrenatural, situada fora do campo de ação da Filosofia, não estava subordinada, mas sim acima da última, considerada como uma serva (ancilla theologiae) que ajudaria a primeira na compreensão de Deus.

Teodicéia, termo empregado atualmente como sinônimo de teologia natural, foi criado no século XVIII por Leibniz, como título de uma de suas obras (chamada "Ensaio de Teodicéia. Sobre a bondade de Deus, a liberdade do ser humano e a origem do mal"), embora Leibniz utilize tal termo para referir-se a qualquer investigação cujo fim seja explicar a existência do mal e justificar a bondade de Deus.

Na tradição cristã (de matriz agostiniana), a teologia é organizada segundo os dados da revelação e da experiência humana. Estes dados são organizados no que se conhece como Teologia Sistemática ou Teologia Dogmática.